根据工作职责，云南省委台湾工作办公室、云南省人民政府台湾事务办公室内设6个职能处室和机关党委(人事处)，下设1个社团组织。分别是秘书综合处、联络交流处、经济合作处、宣传研究处(新闻处)、投诉法规处、政党港澳处、机关党委(人事处)，云南省海峡两岸交流促进会。

　　1.秘书综合处：负责协调机关日常工作;承办文电、秘书、会议、通信工作;负责机要、档案、报刊、杂志、图书资料工作;负责机关行政管理、物品采购、政务网络、综合考评工作;负责机关财务、房产、基本建设、物资设备、环境秩序管理及后勤服务的规划、协调与监督工作;负责住房公积金、职业年金、医疗保险、工伤保险管理工作;负责联系台盟台联等派工作;承办重要活动会务、接待工作，负责赴台审批管理工作，联系各地各部门涉台机构;负责省委台办保密和信息公开审查领导小组办公室工作;负责省委台办国家安全工作领导小组办公室工作;负责省委台办政务公开工作领导小组办公室工作。

　　2.联络交流处：负责对台有关政党和团体等联络工作;承担台湾重要团组和人士来访等接待工作;指导协调有关部门和州市台办对台联络工作;负责组织、指导、管理、协调云台两地文化、教育、科技、体育、卫生、社科、民政、民族、宗教、学术、工会、青年、妇女、基层等交流研讨工作;负责我省省级领导赴台参访与台重要人士联络有关工作;负责重要赴台活动的筹备、策划、指导、协调服务等工作;负责筹划和审批我省各地各单位年度赴台计划，办理或协助办理我省文化、教育、科技、卫生、工青妇等领域应邀赴台交流立项、报批和行前指导等工作;负责海峡两岸交流基地的申报及管理工作;负责台胞来滇求学及台商台胞子女上学的政策咨询与协调服务工作。

　　3.经济合作处：组织协调重要台商的投资活动，协调对接有关部门做好中央和我省对台经贸政策的贯彻落实工作;协助做好台商投资的洽谈、签约等工作;负责办理本省应邀赴台经贸及农业交流和非公企业人员应邀赴台交流的报批和行前指导等工作;指导管理台资企业协会，负责对台资企业的政策指导及服务工作;负责省委台办全面深化改革领导小组办公室工作。

　　4.宣传研究处(新闻处)：负责涉台新闻工作的组织、指导、管理、协调;负责台湾记者来云南采访及新闻交流合作的管理规划;负责台湾媒体、网络、影视等方面的团体及人士来滇交流的组织、协调和接待工作;负责指导基层台办、相关部门的涉台教育工作;负责本办的新闻发布工作;负责对台宣传新闻稿件、图片、音像制品、涉台影视剧等的审查工作;负责办理本省应邀赴台媒体、网络、影视等人员应邀赴台交流的报批和行前指导等工作;围绕我省涉台事务中的重要问题开展调查研究，提出对策、意见和建议;负责组织与开展台情研究，协调组织相关单位和机构开展涉台调研工作;负责省委台办意识形态工作领导小组办公室工作;负责省委台办网络安全和信息化领导小组办公室工作。

　　5.投诉法规处：负责台胞台企投诉、纠纷案件的协调处理;指导、检查、协调州市台办台胞台企投诉案件处理工作;受理台胞、台属的来信来访工作和两岸交流交往中的台胞投诉工作;指导与协调有关部门处理两岸人员往来中发生的突发性问题;开展法规研究工作，指导协调涉台法律事务工作，为台胞提供政策和法律咨询服务;牵头协调台办法治建设工作;牵头防范和处理“”及其他问题;负责省委台办法治工作领导小组办公室工作;负责省委台办社会管理综合治理和维护社会稳定工作领导小组办公室工作。

　　6.政党港澳处：组织开展云台政党交流及境外对台交流工作;负责开展对台湾政党、政治团体的研究工作;协同有关部门处理香港特别行政区、澳门特别行政区涉台工作中有关事务。

　　7.机关党委(人事处)：负责机关党建、组织人事、党风廉政、纪检监察工作;负责机关精神文明建设，以及工会、青年、妇女等工作;负责机关人员的考核奖惩、任免、调配、劳资、培训教育、人员编制等工作;负责牵头组织办务会理论学习中心组学习研讨工作;负责省委台办老干部工作领导小组办公室工作;负责省委台办扶贫攻坚工作领导小组办公室及挂钩扶贫点的日常联系协调工作;负责本办外事工作归口管理(含离退休干部)，办理出国(境)报批、政治审查、护照、签证工作及有关管理工作。

　　8.云南省海峡两岸交流促进会(简称“促进会”)：组织开展海峡两岸间经济、科技、文化、教育、体育、卫生、新闻、出版、广播影视、农业、交通、法律、宗教、民间信仰、社会科学等方面的交流与合作;组织、协助云南省团组赴台考察交流;邀请台湾各界人士和民间团体到云南省考察交流;

　　负责云南在台同乡会、校友会、宗亲会及台湾其它民间团体的联系，组织开展各方面的民间交流交往活动;负责联络台胞台属台商;开展涉台事务的宣传和培训;提供两岸经济文化发展信息及涉台事务的咨询和服务工作。

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